La trama de I sospiri del mio cuore segue le vicende di Shizuku Tsukishima, una giovane ragazza che frequenta le scuole medie e ama leggere libri, soprattutto quelli fantasy.
Un giorno d'estate, Shizuku nota, dalle schede dei libri, che un certo Seiji Amasawa legge prima di lei gli stessi testi che la ragazza prende in prestito in biblioteca. La nostra protagonista comincia così a chiedersi chi sia questo ragazzo e vorrebbe conoscerlo; contemporaneamente, seguendo un gatto, capita in un negozio d'antiquariato, il Chikyuya, dove fa la conoscenza di un giovane di nome Koji Amasawa.
Pur sospettando una parentela con
Seiji, Shizuku non gli chiede nulla e intanto, con l'inizio del nuovo anno scolastico, cerca di aiutare l'amica Yuko a dichiararsi a Sugimura, scoprendo, però, che quest'ultimo è interessato a lei. Shizuku scopre anche che Seiji Amasawa è il ragazzo antipatico che ha incontrato un paio di volte, ma, nonostante gli attriti iniziali, finisce per innamorarsene. Crede, tuttavia, di non essere ricambiata, finché Seiji non le si dichiara.
